Το Σχολείο Ευρωπαϊκής Παιδείας (ΣΕΠ) Ηρακλείου ιδρύθηκε το 2005 (ν. 3376/2005, Α΄ 191) και πρόκειται για Πιστοποιημένο Ευρωπαϊκό Σχολείο, το μοναδικό του είδους του στην Ελλάδα, μέχρι σήμερα.

Ως σχολική μονάδα Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης του Ελληνικού Κράτους εποπτεύεται από την Περιφερειακή Διεύθυνση Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης Κρήτης. Ως Πιστοποιημένο Ευρωπαϊκό Σχολείο, ακολουθεί τους Γενικούς Κανονισμούς, το Αναλυτικό Πρόγραμμα και την Πολιτική Γλωσσών των Ευρωπαϊκών Σχολείων.

Το ΣΕΠ Ηρακλείου είναι οργανωμένο στον πρωτοβάθμιο και τον δευτεροβάθμιο κύκλο σπουδών στους οποίους λειτουργούν δύο γλωσσικοί τομείς, ένας ελληνόφωνος και ένας αγγλόφωνος. Μετά το πέρας των σπουδών, ο μοναδικός τίτλος που χορηγεί το ΣΕΠ Ηρακλείου είναι το Ευρωπαϊκό Απολυτήριο.

Ο Α/θμιος κύκλος του ΣΕΠ Ηρακλείου περιλαμβάνει φοίτηση 2 ετών στο Νηπιαγωγείο και φοίτηση 5 ετών στο Δημοτικό Σχολείου. Στο Δημοτικό, τα μαθήματα διδάσκονται στην πρώτη γλώσσα (L1) του τήματος, ενώ η εκμάθηση μιας πρώτης ξένης γλώσσας ξεκινάει ήδη από την τάξη p1. Οι μαθητές των δύο τμημάτων συμμετέχουν στις Ευρωπαϊκές ώρες, όπου εργάζονται και μαθαίνουν μαζί.

Ο Β/θμιος κύκλος του ΣΕΠ Ηρακλείου αποτελείται από 7 τάξεις, s1-s7 και διαρθρώνεται σε τρεις υπο-κύκλους σπουδών: s1-s3 - Observation cycle / s4-s5 - Pre-Orientation cycle / s6-s7 - Orientation cycle.