Το Σχολείο Ευρωπαϊκής Παιδείας (ΣΕΠ) Ηρακλείου είναι Πιστοποιημένο Ευρωπαϊκό (Ελληνικό δημόσιο) Σχολείο που ιδρύθηκε το 2005. Μέχρι σήμερα, το σχολείο διαθέτει δύο γλωσσικά τμήματα, ένα Ελληνόφωνο και ένα Αγγλόφωνο, και είναι το μοναδικό σχολείο στην Ελλάδα που προσφέρει το πολλυγλωσσικό πρόγραμμα σπουδών των Ευρωπαϊκών Σχολείων.

Ο Πρωτοβάθμιος κύκλος περιλαμβάνει Νηπιαγωγείο διετούς προγράμματος, καθώς και 5 χρόνια Δημοτικού σχολείου. Στο Δημοτικό, τα μαθήματα διδάσκονται στην πρώτη γλώσσα (L1) του τήματος, ενώ η εκμάθηση μιας πρώτης ξένης γλώσσας ξεκινάει ήδη από την τάξη P1. Οι μαθητές των δύο τμημάτων συμμετέχουν στις Ευρωπαϊκές ώρες, όπου εργάζονται και μαθαίνουν μαζί.

Το Γυμνάσιο αποτελείται από 7 τάξεις, S1-S7, χωρισμένο σε τρεις κύκλους. Μια δεύτερη ξένη γλώσσα (L3) επιλέγεται στην αρχή της S1, ενώ από την S3 και πέρα οι ανθρωπιστικές επιστήμες και η Ηθική διδάσκονται στην L2 του μαθητή.